污水處理是否達標將關系到診所能否開辦。由于口腔診所污水中含有大量的病原微生物和有毒物質，所以國家制定了GB18466-2005《醫療機構水污染物排放標準》，要求診所和醫院的污水必須經臭氧發生器消毒處理后才能排至市政管網。污水的消毒處理一般可分為消毒前的預處理和污水的消毒，口腔診所的污水消毒處理中的預處理和消毒往往同時進行。

　　一、口腔診所污水排放的標準

　　2005年7月27日我國發布的醫療機構污染物排放標準要求，自本標準自實施之日2006年1月1日起，代替GB8978-1996《污水綜合排放標準》中有關醫療機構水污染物排放標準部分，并取代 GB18466-2001《醫療機構污水排放要求》。依據GB18466-2005醫療機構水污染物排放標準口腔診所的污水經處理和消毒后應達到下列標準:

　　綜合醫療機構和其他醫療機構水污染物排放限值(日均值)

　　1、糞大腸菌群數不得大于500MPN/L。

　　2、腸道致病菌不得檢出

　　3、腸道病毒不得檢出

　　4、pH值保持在6--9之間

　　5、化學需氧量(COD)的濃度不得超過60mg/L，*高允許排放負荷60g/床位。

　　6、生化需氧量(BOD)的濃度不得超過20mg/L，*高允許排放負荷20g/床位。

　　7、懸浮物(SS)的濃度不得超過20mg/L，*高允許排放負荷20g/床位。

　　8、氨氮不得超過15mg/L。

　　9、動植物油不得超過5mg/L。

　　10、石油類不得超過5mg/L。

　　11、陰離子表面活性劑不得超過5mg/L

　　12、色度不得超過稀釋倍數30倍。

　　13、揮發酚不得超過0.5mg/L。

　　14、總氰化物不得超過0.5mg/L。

　　15、總汞不得超過0.05mg/L。

　　16、總鎘不得超過0.1mg/L。

　　17、總鉻不得超過1.5mg/L。

　　18、六價鉻不得超過0.5mg/L。

　　19、總砷不得超過0.5mg/L。

　　20、總鉛不得超過1mg/L。

　　21、總銀不得超過0.5mg/L。

　　22、總Α不過超過1Bq/L。

　　23、總Β不得超過過10Bq/L。

　　24、總余氯1)2)不得超過5mg/L。

　　注：采用含氯消毒劑消毒的工藝控制要求為：一級標準：消毒接觸池接觸時間≥1h，接觸池出口總余氯 3-10 mg/L。

　　二級標準：消毒接觸池接觸時間≥1h，接觸池出口總余氯 2-8 mg/L。

　　二、診所污水的消毒處理方法

　　標準要求規定消毒劑通常使用的有：三氯、二氧化氯、次氯酸鈉、氯、紫外線和臭氧等。

　　三、污水處理和消毒設計

　　污水處理和消毒設計要求口腔診所的規模往往都不是很大，污水量也有限，傳統的醫療污水處理的設計時都需要建立一個污水處理池，不但破壞小診所不大空間的美觀，而且形成不必要的成本浪費，有的甚至找不到這個一個隱蔽安全的地方，長期存水也會發出難聞的味道。